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藥物或其他代謝物與內源性大分子的共價結合產物稱為結合殘基。動物組織中共價偶聯物(結合殘基)的存在表明獸藥對目標動物具有潛在的毒性作用。獸藥殘留檢測儀的出現可以檢測抗生素、磺胺類、呋喃類、抗球蟲藥、激素類藥物和驅蟲藥。磺胺類藥物殘留主要包括磺胺甲基嘧啶和磺胺甲基嘧啶，藥物殘留主要包括雌二醇。
在現代農業中，獸藥被廣泛使用。隨著公眾對食品安全的認識和重視，獸藥殘留檢測已成為一個重要的管理問題。
此外，近年來，由于蜜蜂在冬季常患細菌性疾病，而一定劑量的抗生素可以治療細菌性疾病，抗生素在蜜蜂中的使用也逐漸增多。由于抗生素的廣泛使用，蜂蜜中有抗生素殘留。抗生素殘留主要有四環素等。
另一個重要而緊迫的問題是，人類正面臨著抗生素耐藥細菌的威脅。給動物喂食低劑量的(預防性)抗生素可能會促進細菌對這些或其他藥物的耐藥性。人們在準備或食用食物時可能會接觸到這些耐藥細菌。已經證明，人類已經產生了由動物性食物引起的耐藥沙門氏菌病。
動物源性食品中藥物殘留對人類健康的影響是一個有爭議的問題。雖然人類對接觸殘留藥物的興趣仍有爭議，但人們普遍認為，由于藥物的振幅反應或耐藥菌數量的增長，食品中潛在的問題會增加。如中、低劑量牛奶β已被內酰胺引起過敏反應的病例所證實。也有報道稱牛肉對氨基糖苷類敏感。
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